Un problema persistente en la didáctica de las Matemáticas y la Física es el hecho de que los Matemáticos y los Físicos no han entendido de qué trata su tema de enseñanza (al menos hasta Agosto de 2021). Esta situación ha producido, cuando menos desde fines de la segunda guerra mundial, programas para la enseñanza de las Matemáticas y la Física que son el producto de una búsqueda en la oscuridad. Los programas resultantes son bien intencionados pero están alejados de la naturaleza fundamental de la naturaleza de Sistemas de Pensamiento que constituyen las diversas teorías matemáticas y físicas. La enseñanza de la Física y las Matemáticas ha estado invertida. Se ha creído todo este tiempo que el aprender Matemáticas y/o Física es resultado de «ver» o «revisar» un conjunto de temas, lógicamente presentados, pero que inducen una fragmentación de ambos sistemas de pensamiento, y de resolver diversas listas arbitrarias de problemas arbitrarios que se van resolviendo conforme se avanza en la presentación de la teoría correspondiente.
Por lo general, en la enseñanza de la Física y las Matemáticas se procede mostrando la teoría y a continuación se espera que el alumno la aplique, sin la más mínima preocupación por enseñarle todos aquellos detalles y elementos necesarios pero no evidentes -y desconocidos por el docente- que forman parte de la estructura fundamental del pensar y del aprender a pensar de acuerdo con un sistema de pensamiento. En el mejor de los casos esto se intuye pero muy pocas veces o nunca se considera. Hay que proceder al revés, el que los estudiantes aprendan a aplicar las teorías físicas y matemáticas es el resultado de enseñarles esas teorías como Sistemas de Pensamiento, cuyo objetivo ontológico es resolver problemas.
Las Matemáticas y la Física representan las formas más precisas de pensar y razonar que existen porque sus campos semánticos son univaluados, y también representan lo difícil que es aprender a pensar. En éstas, los razonamientos son directos y se basan fundamentalmente en los números naturales y en sus tablas de sumar y multiplicar. Lo que se necesita de lucidez para llegar a pensar con suficiente claridad, y que Michel Foucault se dedicó a desenterrar, se puede aprender a través del aprendizaje de la Física y las Matemáticas, vía el conocimiento de su Estructura Semiótica.